Spildevandscentrets organisation består af direktionen og tre afdelinger for henholdsvis drift og proces, administration og kommuneservice. Herudover har vi følgende tværgående ansvarsområder: miljø- og arbejdsmiljøledelse, marked og ekstern kommunikation.
Ledelse
Direktør: Jens M. Prisum
Afdelingschef, Administration: Søren Heegaard
Afdelingschef, Drift og Proces: Lars T. Larsen
Afdelingschef, Kommuneservice: Rikke Nikolajsen
Spildevandscentret har i alt 49 medarbejdere.

Spildevandscentrets base er administrationsbygningen på Kanalholmen Hvidovre, ombygget med bl.a. informationshus i 2000